Η ενδομητρίωση αποτελεί μία πολύ συχνή πάθηση, όπου φυσιολογικός ιστός από το εσωτερικό της μήτρας (ενδομήτριο) ανευρίσκεται να αναπτύσσεται εκτός αυτής, σε περιοχές όπως οι ωοθήκες, οι σάλπιγγες, το έντερο, η πύελος και τα υπόλοιπα κοιλιακά όργανα.

Κατά τη διάρκεια της περιόδου, ο έκτοπος αυτός ιστός συμπεριφέρεται όπως και όταν ήταν μέσα στη μήτρα, αναπτύσσεται και αιμορραγεί. Σε αντίθεση όμως με τη φυσιολογική του θέση, δεν μπορεί να αποβληθεί από το σώμα, αλλά προκαλεί φλεγμονή, συμφύσεις και συνδέεται με πόνο. Στις ωοθήκες, η ενδομητρίωση μπορεί να εξελιχθεί σε κύστη, που ονομάζεται ενδομητρίωμα.

Η φλεγμονή και οι συμφύσεις μπορεί να προκαλέσουν βλάβες στις σάλπιγγες, επηρεάζοντας τη φυσιολογική σύλληψη, γονιμοποίηση, μεταφορά και εμφύτευση του εμβρύου.

Η ποσότητα (βαθμός) ενδομητρίωσης δεν σχετίζεται απαραίτητα με το βαθμό πόνου που μπορεί να προκαλέσει. Για παράδειγμα, γυναίκες με εκτεταμένη νόσο μπορεί να μην εμφανίσουν πόνο, ενώ γυναίκες με ήπια νόσο μπορεί να νιώθουν έντονο πόνο για αρκετές ημέρε κάθε μήνα.