Η τροποποίηση του τρόπου ζωής και διατροφής, καθώς και η άσκηση με σκοπό την επίτευξη ιδανικού σωματικού βάρους, μπορεί να είναι συχνά αρκετές για την αποκατάσταση της ωορρηξίας και της γονιμότητας, σε υπέρβαρους ασθενείς με σύνδρομο πολυκυστικών ωοθηκών.
Για γυναίκες που αντιμετωπίζουν προβλήματα υπογονιμότητας, η θεραπεία πρώτης γραμμής περιλαμβάνει φάρμακα σε μορφή χαπιών, όπως η κιτρική κλομιφαίνη και η λετροζόλη. Σε ασθενείς που δεν ανταποκρίνονται, η αντιμετώπιση γίνεται με ενέσιμα φάρμακα. Η ανταπόκριση στη θεραπεία ελέγχεται με υπερηχογράφημα.
Αν υπάρχουν ενδείξεις για αντίσταση στην ινσουλίνη, κρίνεται απαραίτητη η χρήση ενός φαρμάκου, όπως η μετφορμίνη, πάντα σε συνδυασμό με τα φάρμακα γονιμότητας.
Σε περιπτώσεις σοβαρού συνδρόμου πολυκυστικών ωοθηκών, συνιστάται η θεραπεία εξωσωματικής γονιμοποίησης. Τα ποσοστά επίτευξης εγκυμοσύνης παραμένουν υψηλά με αυτή τη μέθοδο.